PCR定量試劑盒在工業中的應用主要存在一個方法驗證的問題，尤其是靈敏度的驗證。靈敏度不夠，就會發生漏檢。另外，PCR所直接面對的樣本是DNA，而非病原菌或DNA，因此還需要做DNA抽提，這也是要注意的。
藥典規定，生物藥廠的主細胞庫、工作細胞庫、生產終末細胞、檢定細胞、病毒種子批和病毒收獲液、細胞培養相關材料如培養基、胰酶、臨床治療用干細胞和免疫細胞等，都必須不含支原體。
因此，如能采用PCR檢測支原體并替代藥典方法，還是能節省很多時間和精力。但PCR定量試劑盒的驗證需要完整的方法。靈敏度驗證是一個重要方面。靈敏度不夠，就會發生漏檢。
具體驗證可使用10CFU的支原體靈敏度標準品，它一般為凍干粉形式，需要用待測樣本的樣本基質（需保證里面不含支原體）來復溶，再進行DNA抽提以及PCR檢測。如檢測的電泳有條帶，或者qPCR檢測后的Ct值小于40，即表明檢測成功。
因此，在選用支原體PCR法檢測來替代藥典方法時，需要考慮如下兩個方面：
一是要使用符合歐洲藥典要求，經過驗證的支原體檢測試劑盒，二是自我驗證，即確認所用的樣本基質對于該試劑盒方法是合適的，并且操作過程是正確的。小規模的室內驗證通常需要采用三個不同批次的試劑盒，然后加入10CFU的標準品，做復孔（通常是8個復孔），并且至少選擇3個支原體物種進行驗證。
有的支原體標準品廠家會提供CFU與基因拷貝數的比值，以方便二者的換算。因為10CFU只能確定PCR定量試劑盒能夠達到的檢測限在10CFU以下，但無法具體確定靈敏度的數值。帶DNA拷貝數標定的基因組DNA標準品則可進一步確定檢測限的數值。
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